Чистота однокоренное проверочное слово с проверочной гласной в корне: чистить, нечистоты.
По произношению проверочного слова становится понятно, что в корне слова чистота в первом слоге пишется буква "и", как и слышится. Во втором слоге пишется буква "о", а не "а", как слышится.
Если после прочтения статьи у вас остались вопросы правописания слова чистота, то напишите об этом в комментариях. Учителя обязательно вам помогут.